Вже в січні 1860 р. Академія, виконуючи розпорядження Синоду,
підготувала до друку перший номер часопису. Протягом 1860 р. вийшло
з друку чотири номери «Трудів КДА». Однак вони не мали чіткої дати
виходу і скоріше нагадували наукові альманахи, ніж періодичне
видання. Лише з 1861 р. часопис став виходити щомісяця. Відповідно
до вимог Синоду в «Трудах» містилося два основних відділи:
переклади церковних письменників Західної Церкви та оригінальні
статті. Згодом в «Трудах» також друкувалися російські переклади
Біблійних книг, з’явився відділ критики та бібліографії. Після
введення в дію у 1869 р. нового Статуту духовних академій в
часописі з’явився додаток, який містив протоколи засідань Ради
Академії, щорічні звіти про життя КДА та про діяльність установ,
які існували при КДА (Церковно-археологічне товариство,
Церковно-археологічний музей, Богоявленське братство). Так склалася
структура видання, яка зберігалася до 1917 р.
Традиційно протягом року друкувалося три томи «Трудів». Кожен
том містив в собі книги за чотири календарних місяці (перший том —
з січня по квітень, другий — з травня по серпень, третій — з
вересня по грудень), хоча інколи могли траплятися незначні
відхилення від цього правила. Нумерація сторінок у межах одного
тому була наскрізною. Крім основного змісту часопису в ньому
подавалися матеріали з окремою пагінацією. На початку місячних
книг, як правило, давалися російські переклади книг Святого Письма
або творів отців Західної Церкви. В кінці кожної книги «Трудів»
містилися додатки, що включали офіційні документи Академії.
Нумерація сторінок у виданнях перекладів і у додатках
продовжувалася від книги до книги безвідносно до номерів томів.
Крім того, часом на початку книги могли публікуватися матеріали,
які або мали окрему латинську пагінацію, або взагалі не мали
пагінації. Зазвичай саме так друкувалися імператорські укази, які
торкалися Академії; повідомлення про перебування в Києві членів
імператорської родини; промови, виголошені з особливо урочистих
приводів тощо. Таким чином, в межах однієї книги «Трудів» можна
зустріти три, а інколи навіть і чотири окремі пагінації.
