Прусская армия была буквально уничтожена. С 8 октября французская армия вторглась в Восточную Тюрингию с юга тремя колоннами и, наконец, повернула прямо на Йену, где Наполеон заподозрил главную прусскую армию. Он отступил к Ауэрштедту накануне двойной битвы. В Йене основная французская армия численностью 96 000 человек под командованием Наполеона столкнулась с прусско-саксонской армией численностью около 41 000 солдат под командованием верховного главнокомандующего принца фон Гогенлоэ.В Ауэрштедте третья дивизия французской армии (27 300 солдат) во главе с зятем Наполеона маршалом Николя Даву встретилась с основной прусской армией (50 000 солдат), которая была почти вдвое сильнее. В обоих боях было убито или ранено не менее 30 000–35 000 солдат, более 10 000 пруссаков попало в плен. Среди проигравших в битве были более поздние реформаторы прусской армии Герхард фон Шарнхорст и граф Нейдхардт фон Гнейзенау.
It is prohibited