В 1856 году он получил докторскую степень в Цюрихском университете , где впоследствии был ассистентом Карла Вильгельма фон Негели (1817–1891). В 1860 году он стал профессором ботаники Мюнхенского университета , а в 1867 году профессором ботаники и директором Ботанического сада в Базеле . В 1877 году он сменил Вильгельма Хофмайстера (1824–1877) на посту профессора ботаники в Тюбингенском университете , а с 1878 года и до выхода на пенсию в 1910 году Швенденер был профессором Берлинского университета .

Саймона Швенденера помнят за его исследования анатомии и физиологии растений , его интересовала взаимосвязь между строением растения и его функциональностью. Он использовал механистический подход к своим ботаническим исследованиям, полагая, что анатомическая структура растения соответствует принципам механики. Он провел обширные исследования по механике сокодвижения , строению пульвинуса листа , расположению листьев растений и внутренней работе между устьицами и их замыкающими клетками .

В 1867 году Швенденер объявил научному миру свою гипотезу о том, что лишайник образовался из двух отдельных организмов, гриба и водоросли .  В то время его теория была в значительной степени отвергнута, но впоследствии подтвердилась.